Τον Ιούνιο του 1826 έως τον Μάιο του 1827, χρονική περίοδο που ο Κιουταχής πολιόρκησε την Αθήνα, οι ζημιές του Ναού είχαν πολύ μεγάλη έκταση.Έως το 1838 ήταν σχεδόν κατεστραμμένος από τις οβίδες. Το μόνο στοιχείο που έδειχνε την εποχή της ακμής του ήταν η πασίγνωστη βρύση του.Γύρω από τη βρύση οι κάτοικοι είχαν δημιουργήσει θρύλους με κακά πνεύματα.
Το νερό που μαζεύονταν στην περιοχή ήταν του Αδριάνειου υδραγωγείου που ερχόταν από την οδό Μητροπόλεως, περνούσε το Μοναστηράκι, συνέχιζε από τον Άγιο Φίλιππο, έφτανε στον Κεραμεικό και ξεχύνονταν στην αρχή της Ιεράς Οδού.
Σύμφωνα με διάφορα στοιχείο το 1860 έγιναν κάποιες επισκευές στον Ναό χάνοντας τον χαρακτήρα που είχε από κατασκευής του.Έχει καταγραφεί ως επιμήκης βασιλική με ξύλινη στέγη, το δυτικό τμήμα είχε τρία κωδωνοστάσια και τέσσερα μεγάλα παράθυρα.
Ο Άγιος Φίλιππος κατά τις αρχές της δεκαετίας του 1960 χαρακτηρίστηκε μνημείο ορθόδοξης εκκλησιαστικής τέχνης της βυζαντινής εποχής.
Όταν προχώρησε η ανακατασκευή του από τα θεμέλια προς τα τέλη της ίδιας δεκαετίας η αρχική αγιογράφηση έγινε από τον αγιογράφο , καθηγητή πανεπιστημίου Ι.Βασιλόπουλο και τον Δημήτριο Κεντάκα.
Ο Ναός που αιώνες τώρα στέκει, έχει κυριολεκτικά καταγράψει αμέτρητες ιστορίες και γεγονότα, ιστορικά, ατομικά , κοινωνικά.
Κάποτε αποτελούσε μια γειτονιά γεμάτη ζωή όπου όλες οι ξεχωριστές προσωπικότητες του τόπου βρίσκονταν πολύ τακτικά εκεί..και ποιοι δεν ήταν, μοδίστρες και κεντήστρες, αρχιτέκτονες, δικηγόροι, γιατροί.
Βέβαια η γειτονιά δεν έμεινε χωρίς γραφικότητα...φρόντισαν γι' αυτό τοι ξακουστοί βλάμηδες κι οι καβγατζήδες.
Τα χρόνια περνούσαν όπως είναι το βασικό δεδομένο της ζωής..το καφενείο στη γωνία του ναού άλλαζε κατά καιρούς διεύθυνση και πελατεία.Κάποια εποχή σύχναζαν τσιγγάνοι έμποροι, για να πάρουν μέρος στο κυριακάτικο παζάρι.
Εκτός των παραπάνω που σύχναζαν στην πλατεία εκεί φιλοξενούνταν και μέρος της υψηλής οικονομικής τάξης της Αθήνας όπως η Ποτοποιία Βαρθολομαίου, η Κυτιοποιία Πολυζωίδη, ο αλευρόμυλος του Μπακαλάκη, το ξυλουργικό εργοστάσιο των Ράλλη - Γερμανού.
Από τα γνωστά στέκια των Αθηναίων της περιοχής ήταν τα καφενεία των Παπαχειμώνα, Κουταβέλη, Μπαρδόπουλου, Θεάκου.
Η γειτονιά εκείνης της εποχής άλλαξε ριζικά από την ώρα των ανασκαφών για την αποκάλυψη της Αρχαίας Αγοράς. Πολλές φορές όλοι ερχόμαστε αντιμέτωποι με το παρελθόν, το παρόν και το μέλλον..Έτσι κάποιες θυσίες είναι αναγκαίες και αναπόφευκτες.Ήταν λογικό τα σπίτια να γκρεμιστούν, οι άνθρωποι να φύγουν, η τοποθεσία να διαφοροποιηθεί.
Σήμερα η περιοχή είναι ένας από τους περιζήτητους τουριστικούς προορισμούς αφού συνδυάζει τον πολιτισμικό, τον ιστορικό, τον παραδοσιακό μας πλούτο με τη γραφικότητα του τοπίου, των γεύσεων και του εμπορίου.
Για εμάς που ζούμε κοντά στο κέντρο, που μπορούμε να περπατάμε ως εκεί , η τύχη είναι μεγάλη...κάποτε δεν την είχα αντιληφθεί...ίσως γιατί ότι έχουμε εύκολο το θεωρούμε δεδομένο..Όμως με την κατάσταση του αποκλεισμού λόγω του ιού...συνειδητοποίησα αυτή την τύχη..
Ο Άγιος Φίλιππος κατά καιρούς διοργανώνει εθελοντική αιμοδοσία.
Επίσης κάθε χρόνο στην εορτή του , στις 14 Νοεμβρίου εκτός από το θρησκευτικό πρόγραμμα που αξίζει κανείς να παρακολουθεί, διοργανώνει αγορά στον αύλειο χώρο του με διάφορα προϊόντα και νηστήσιμες γεύσεις λόγω της επερχόμενης νηστείας των Χριστουγέννων.